Analyse de données en cytométrie spectrale Présentiel

Analyse de données issues de cytométrie spectrale multi-paramétrique

Dans le cadre de cette formation, le stagiaire sera amené à exploiter un jeu de données multicouleur comprenant environ 30 paramètres. Ces données ont été acquises à l'aide d'un cytomètre spectral Opteon (Agilent). L'objectif est de permettre d'acquérir les compétences nécessaires à la préparation, au contrôle qualité et à l'analyse de données complexes en cytométrie spectrale.

La formation est organisée sur une journée en alternant des phases pratiques et d'analyses.

Pratique de la déconvolution (unmixing)

La première partie de la formation est consacrée à la maîtrise des étapes de déconvolution des données spectrales. À partir des données brutes le stagiaire réalisera la déconvolution des données afin d'extraire les signaux de fluorescence propres à chaque marqueur.

Il sera ensuite formé au contrôle de la qualité des données de cette étape en apprenant à identifier les éventuelles erreurs liées à la matrice de déconvolution. Des ajustements de cette matrice pourront être réalisés afin d'optimiser la séparation des marquages

Une attention particulière sera portée à l'identification des erreurs de déconvolution, les anomalies dans certains canaux, afin d'avoir un regard critique sur les données obtenues.

Analyse des données multiparamétriques

La seconde partie de la formation est dédiée à l'analyse de données complexes comportant plus de 20 paramètres. Le stagiaire sera initié à l'utilisation de logiciels d'analyse spécialisés, tels que FlowJo et OMIQ (sans être une formation complète à ces outils). Le stagiaire apprendra à structurer son analyse, à effectuer des stratégies de fenêtrage adaptées et à explorer les populations cellulaires de haute dimensionnalité.

Des méthodes avancées de visualisation seront également abordées en particulier avec l'utilisation des algorithmes de réduction dimensionnelle tels que t-SNE et UMAP permettant de représenter et d'interpréter la topographie de données complexes de manière simple

Focus sur les avantages de l'extraction de fluorescence

Une partie spécifique portera sur les bénéfices de l'extraction de fluorescence en cytométrie spectrale. Le stagiaire découvrira comment identifier la signature d'autofluorescence des cellules et de comprendre son impact sur les données

Calculer, vérifier et optimiser une matrice de déconvolution

Utilisation de l'extraction de l'autofluorescence, en fonction des échantillons ou des populations

Appliquer la matrice à ses échantillons, et identifier les erreurs de déconvolution

Introduction aux logiciels d'analyse (FlowJo et OMIQ)

Déterminer des populations d'intérêts ; anlayse des fréquences et mesure d'intensité de fluorescence

Utiliser les données obtenues pour des analyses supervisées et non supervisées (t-SNE, UMAP) ; principes généraux

Connaitre la biologie cellulaire

Avoir suivi le module « les fondamentaux de la cytométrie » et/ou  le module « Cytométrie spectrale (en image !) »  et/ou le module « La cytométrie spectrale en pratique (et en image !) »

Un jeu de données à analyser sera fourni à chaque participant ; les données personnelles ne seront pas analysées.

Travaux dirigés ; chaque personne aura son PC

1 jeu de données sera remis aux participants