À l'issue de la formation, les participants connaitront les bases théoriques de la microscopie à épifluorescence et confocale, sauront choisir le microscope adapté à leur besoin et seront capables de concevoir et de mettre en œuvre une expérience de microscopie.

Cours théoriques :

• Microscopie de base : Alignement du condenseur, microscopie de transmission, contraste de phase et contraste interférentiel différentiel
• Microscopie à épi-fluorescence : Principe, filtres, objectifs, résolution
• Détecteurs pour la microscopie de fluorescence : caméra CCD, EMCCD
• Fluorescence : définitions, aspects théoriques et pratiques : les différentes sondes fluorescentes, les protéines auto-fluorescentes
• La microscopie confocale (physique de l'instrument, principe des lasers et sécurité, acquisition,
  numérisation, échantillonnage, multiples marquages…)
• Applications et développements en microscopie : FRET, FRAP, FLIM, TIRF, super résolution…

Mise en pratique :

Un cycle de 8 heures de mise en pratique et de démonstration permettra de renforcer le lien entre théorie et application, de reconnaître les éléments mis en oeuvre en microscopie ; et d'acquérir des images.

Ce cycle  permettra aux participants d'utiliser les microscopes (microscopie plein champ et/ou confocale) sur leurs propres échantillons.

Pour 12 personnes, il y a un cycle de 4 Travaux Pratiques (les séances TP 1, 2, 3, 4) de 2h pour 2 groupes puis un cycle de Travaux Pratiques (séance TP 5) de 7h pour 3 groupes
TP 1 : Microscopie à épi-fluorescence et transmission : reconnaître les éléments mis en oeuvre : alignement Koehler du microscope et mode phase, filtres, trajets optiques, acquisition de PSF en vue de la déconvolution
1 groupe de 4 personnes, sur microscope à épi-fluorescence

TP 2 : Microscopie confocale I : trajet optique, acquisition d'images de fluorescence, transmission DIC, réflectance, reconstruction 3D 

1 groupe de 4 personnes, sur microscope confocal

TP 3 : Microscopie confocale II: acquisition multiparamétrique, acquisition simultanée /séquentielle, acquisition spectrale, colocalisation

1 groupe de 4 personnes, sur microscope confocal

TP 4 : Vidéo-microscopie : acquisition multiparamétrique, en profondeur, sur cellules vivantes

1 groupe de 4 personnes, sur vidéo-microscope

TP 5 : Mise en pratique sur échantillons des participants sur les microscopes de la BIC

4 groupes, sur microscope confocal droit, microscope à épi-fluorescence, vidéo-microscope

• Comprendre le fonctionnement d'un microscope à épifluorescence.
• Comprendre le fonctionnement d'un microscope confocal.
• Être capable de choisir l'une de ces techniques en fonction de son besoin.
• Mettre en œuvre une ces techniques sur échantillons.