Transcriptomique spatiale par imagerie : du smFISH au FISH multiplexé Présentiel

Module théorique - cours et TD (10h)

Introduction des différentes techniques de spatiale transcriptomique

Principe du smFISH-MERFISH

Présentation du protocole smFISH & FISH mutliplexés et étapes clés

Design des sondes

Retour d'expériences sur divers modèles
Base de la microscopie et microfluidique
Workflow général du traitement et de l'analyse des données

Module pratique (11h)

Mener à bien une manip de smFISH
Visualisation confocal

Visite du plateau de MERFISH
Initiation à l'utilisation d'un appareil de microfluidique

Montage d'un échantillon dans la flow cell
Analyse de données sous ImageJ

Un créneau d'1 h sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de spatiale transcriptomique)

Se Familiariser les différentes techniques de transcriptomique spatiale

Identifier les différentes étapes expérimentales nécessaires à la mise en œuvre d'un protocole de FISH multiplexé : de la préparation des sondes à l'acquisition d'images

Appliquer les différentes phases d'un protocole de FISH multiplexé dans un contexte expérimental

Analyser un jeu de données issu d'une expérience smFISH, en utilisant des outils d'imagerie et de quantification adaptés.

Format de la formation :

Présentiel : cours : 4h ; TD : 6h ; TP : 11h avec un TP organisé en 2 sous-groupes

Liste des ressources pédagogiques remises aux participants à l'issue de la formation : via l'intranet de la formation

Equipement : 

Stéréomicroscope ZEISS STEMI 508, matériel de dissection, incubateur boekel, microscope Abberior Infinity Line, Elveflow microfluidique, salle bio-informatique avec station ImageJ

Il est conseillé de venir avec de quoi prendre des notes.