Notre offre de formation
Bioinformatique pour l'analyse des séquences nucléiques et protéiques Présentiel
Dernière mise à jour : 06/10/2025
Description
1er jour
- Banques généralistes pour les séquences nucléotidiques et protéiques : GenBank, RefSeq, Uniprot, PDB, Gene Ontology, KEGG, leurs différences et leurs spécificités, présentation des systèmes d'interrogation, formats des données, qualité des données
- Recherche de similarités entre séquences : alignement deux à deux, modèles de score, alignement global et local
- Recherche d'homologie avec BLAST : algorithme sous-jacent, paramètres, significativité et visualisation des résultats, déclinaisons en BLASTN, BLASTP et BLASTX
2ème jour
- Alignement multiple : approches progressives et itératives, Muscle et Clustal Omega
- Annotation structurale de séquences génomiques : recherche d'ORF, biais d'usage des codons, prédiction de séquences codantes et de gènes
- Conception d'amorces avec Primer3 et Primer-blast
3ème jour
- Annotations structurale et fonctionnelle de protéines : modélisation de motifs (matrices et HMM), recherche des domaines (InterProScan)
- Reconstruction phylogénétique : parcimonie, approches bayésiennes et maximum de vraisemblance, application avec Phylogenie.fr
Objectifs de la formation
- Interroger les banques de données de séquences biologiques
- Conduire une analyse de séquences par homologie
- Annoter une séquence nucléique ou protéiques
- Mettre en place un design d'amorces
- Construire une phylogénie
Public visé
Chercheur, ingénieur ou technicien en biologie, santé et agro-alimentaire.
Prérequis
La formation demande des connaissances de base en biologie moléculaire (gène, génome, protéine) et l'habitude du travail sur ordinateur (traitement de texte, navigateur web). La formation est dispensée en français. Les logiciels présentés sont en anglais (documentation, interface).
Modalités pédagogiques
Alternance de cours, de travaux dirigés et pratiques.
Moyens et supports pédagogiques
Liste des ressources pédagogiques remises aux participants à l'issue de la formation : supports de cours, TD et TP au format dématérialisé, liste et mode d'accès de tous les logiciels libres utilisés lors de la formation.
EQUIPEMENT : Les participants viendront avec leur propre PC. Connexion wifi fournie. Tous les logiciels sont fournis, sans installation préalable. Cela permet aux participants de repartir avec les supports de cours, les fiches et les données pour les exercices.
Modalités d'évaluation et de suivi
Un suivi individualisé par des évaluations formatives est assuré. Une attestation de fin de formation est délivrée à la fin du parcours.
Formateurs
TH
TOUZET Hélène
Responsable scientifique
Modalités tarifaires spécifiques
Nos formations sont exonérées de TVA. Elles bénéficient de remises volumes : - 5% pour 3-4 inscrits, - 10% pour 5-6 inscrits, et - 20% à partir de 7 personnes. Une réduction de 20% est appliquée pour les agents salariés du CNRS.
Informations sur l'accessibilité
Notre laboratoire est entièrement accessible aux personnes à mobilité réduite (PMR). Un accès adapté, des espaces de circulation et des sanitaires spécifiques sont à votre disposition pour garantir votre confort et votre autonomie. Pour toute information complémentaire, veuillez nous contacter.