Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R Présentiel
Dernière mise à jour : 06/10/2025
Description
Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse.
- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq
- Importation des données Single Cell dans R
- Intégration de données Single Cell multiples
- Quality Check et pré-traitement des données
- Normalisation de données
- Identification de marqueurs
- Clustering et assignation cellulaire
- Analyse différentielle des groupes cellulaires
- Savoir intégrer les données de spatialisation
- Savoir intégrer les données de trajectoire
- Savoir intégrer les données de communication cellulaire
- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)
Objectifs de la formation
- Savoir expertiser et manipuler des données issues d'expériences Single Cell RNA-seq
- Savoir mener une analyse différentielle à de multiples niveaux
- Savoir intégrer des données complémentaires pour l'analyse Single Cell RNA-seq (spatial, trajectoire, cell communication, cell identification...)
Public visé
Chercheurs, ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
Toute personne souhaitant "exploiter" des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques
Prérequis
Maîtrise du langage R
Avoir suivi la formation "Langage R : introduction" ou niveau équivalent.
Modalités pédagogiques
Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %) basés sur des jeux de données réels
2 intervenants en simultané pour les TD
Moyens et supports pédagogiques
Un fichier au format PDF sera mis à disposition du participant.
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.