Analyses NGS avec R Présentiel
Dernière mise à jour : 06/10/2025
Description
Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.
- Rappels des concepts du séquençage NGS
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants
- L'analyse des reads et du résultat d'alignement
- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
- Les techniques d'enrichissement
- Les outils de visualisation pour les NGS
Le programme détaillé est disponible sur votre compte utilisateur.
La fin de la formation (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les apprenants.
Objectifs de la formation
- Analyser des séquences venant de reads NGS
- Déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq
- Enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances
Public visé
Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation.
Toute personne souhaitant "exploiter" des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques.
Prérequis
Maîtrise du langage R
Avoir suivi la formation "Langage R : introduction" ou niveau équivalent.
Modalités pédagogiques
Alternance de présentations (50 %) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 %)
2 intervenants en simultané pour les TD
Moyens et supports pédagogiques
Un fichier au format PDF sera mis à disposition du participant.
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.