Explorer le vivant en 3D avec le Serial Block Face-Scanning Electron Microscopy (SBF-SEM) Présentiel

Cette formation vise à développer une compétence complète et autonome sur l'ensemble des différentes étapes de l'imagerie volumique par SBF-SEM. Elle mettra particulièrement l'accent sur les applications biologiques à grande échelle, la diversité des approches de préparation d'échantillons et l'acquisition automatisée. Une découverte à l'exploitation des stacks d'images (traitement, reconstruction, segmentation et visualisation 3D) sera proposée à l'aide de logiciels utilisés par la communauté.

1er jour : 

• Cours théoriques
• Introduction générale sur la microscopie électronique en transmission et à balayage
• Fonctionnement des microscopes électroniques
• Présentation des structures d'accueil
• Visite des sites d'accueil

2e jour : 

• Cours théoriques et pratiques
• Protocoles de préparation des échantillons (cryométhodes, fixation conventionnelle, Microwave, deshydratation/
• cryosubstitution, inclusion en résine)
• Avantages et inconvénients des différents types de préparation

3e jour : 

• Cours théoriques et pratiques
• Imagerie 3D
• Applications du SBF-SEM et avantages et inconvénients de cette technologie
• Présentation de l'ultramicrotomie
• Réalisation d'un montage optimisé sur pin
• Utilisation de l'ultramicrotome
• Observation au MET
• Acquisition des images au MEB

4e jour :

• Cours théoriques et pratiques
• Savoir choisir le logiciel de traitement d'images adapté à la problématique scientifique
• Approche du pin dans le MEB
• Manipulation d'un stack et traitement des images à l'aide de logiciels utilisés par la communauté

• Expliquer les principes fondamentaux du SBF-SEM et décrire les bases théoriques
• Sélectionner et appliquer la méthode de préparation la plus adaptée à l'échantillon et à l'objectif scientifique (cryo-méthodes, fixation chimique conventionnelle, microwave, méthodes d'inclusion)
• Réaliser un montage optimisé sur pin afin de garantir la stabilité et la qualité du signal en acquisition continue
• Configurer et exécuter une acquisition automatisée SBF-SEM
• Traiter, reconstruire, segmenter et visualiser les données volumétriques à l'aide de logiciels connus (tels que FIJI, Webknossos, Microscopy Image Browser...)

Equipement : microscope électronique à balayage, microscope électronique en transmission, ultramicrotome, appareil de congélation haute pression, système de congélation ultra rapide, loupe binoculaire, Microwave, stations d'analyse d'images (FIJI, Webknossos...).

Supports papier et dématérialisés.