Alignement de séquences biologiques Présentiel
Dernière mise à jour : 03/02/2026
Unité de recherche
Description
1er jour – Matin
- Tour de table et introduction à la formation
- Définitions et représentations
- Score d'un alignement
- Fonction de score
- Matrices de score pour les AA
- BLOSUM
- PAM
- Autres matrices (JTT, WAG, LG, etc.)
- Pénalités pour les gaps
1er jour – Après-midi
- Alignements par paires
- Needleman-Wunsch
- Smith-Waterman
- FASTA
- BLAST
- Principe
- Evaluation statistique des alignements
2e jour – Matin
- Profils simples
- Profils HMM
- Alignements multiples
- Alignement progressif
- CLUSTAL
- Améliorations de l'algorithme
- Consistance
- Procédure itérative
2e jour – Après-midi
- Utilisation des données de structure 3D
- Mesure de la qualité d'un alignement
- Filtrage
- Parties codantes
Objectifs de la formation
- Comprendre les principes et limitations des différentes méthodes
- Appliquer les méthodes les plus appropriées en fonction du jeu de données utilisé
- Analyser les résultats : déterminer si un alignement est correct ou non en fonction de connaissances biologiques a priori
- Evaluer les résultats : les scores obtenus sont-ils statistiquement significatifs, les alignements sont-ils corrects, les paramètres utilisés doivent-ils être changés ?
Public visé
Chercheurs et ingénieurs (IE/IR) biologistes étant amenés à effectuer des analyses sur des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines).
Prérequis
La formation est destinée à des personnes ayant un niveau de diplôme de M1 minimum. Les prérequis sont : connaissances de base de la biologie moléculaire ; être familiarisé avec l'utilisation des collections de séquences en ligne (e.g. ENA, UniProtKB) ; et avoir des notions en mathématiques et statistiques. Une connaissance de l'environnement Unix/Linux constituerait un plus mais n'est aucunement obligatoire.
Modalités pédagogiques
Formation en présentiel avec une répartition 60/40 entre cours et TD/TP.
Moyens et supports pédagogiques
Les ressources pédagogiques remises aux participants seront disponibles à la fois sous forme papier et sous forme dématérialisée (fichiers pdf). Ces supports comprennent les diapositives du cours ainsi que le cahier d'exercices.
Un PC portable sous Linux sur lequel l'ensemble des logiciels nécessaires sera fourni à chaque participant.
Modalités d'évaluation et de suivi
Un suivi individualisé par des évaluations formatives est assuré. Une attestation de fin de formation est délivrée à la fin du parcours.
Formateurs
PG
PERRIERE Guy
Responsable scientifique
Informations sur l'admission
L'admission à cette formation ne fait l'objet d'aucun examen, test ou sélection préalable ; l'inscription est validée après réception du dossier complet et confirmation par l'organisme de formation.
Modalités tarifaires spécifiques
Nos formations sont exonérées de TVA. Elles bénéficient de remises volumes : - 5% pour 3-4 inscrits, - 10% pour 5-6 inscrits, et - 20% à partir de 7 personnes. Une réduction de 20% est appliquée pour les agents salariés du CNRS.
Informations sur l'accessibilité
Notre organisme s'engage à garantir l'accessibilité de ses formations à distance et en présentiel aux personnes en situation de handicap. Un référent handicap est mobilisable afin d'analyser les besoins spécifiques et de mettre en place, lorsque cela est possible, les adaptations pédagogiques, techniques ou organisationnelles nécessaires.