Analyse d'images sur QuPath : des bases aux méthodes avancées (Machine et Deep Learning) pour coupes histologiques, et autres larges images 2D Présentiel
Dernière mise à jour : 29/10/2025
Description
Jour 1 : Introduction au logiciel et analyse d'image
- Prise en main du logiciel : se familiariser avec l'interface, notion de projet
- Création et gestion des régions d'intérêts : annotations vs détections
- Réaliser une segmentation : comprendre et appliquer un seuillage
- Introduction à l'intelligence artificielle : notions de Machine et Deep Learning
Jour 2 : Approfondissement dans l'utilisation du logiciel et automatisation
- Utilisation de nouveaux outils d'IA : Stardist, Cellpose, Sam...
- Exportation des mesures et des gestions des données de sortie
- Automatisation des tâches : pour appliquer l'analyse à un ensemble d'images
- Étude de cas concrets : à partir des images des participants
Objectifs de la formation
- Maîtriser le logiciel QuPath afin de pouvoir visualiser et classifier différents types de données d'imagerie 2D (images multi-couleurs, immunohistochimie)
- Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables
- Appréhender l'analyse par intelligence artificielle (Machine et Deep Learning) grâce aux nouveaux outils (Stardist, Cellpose, Sam...)
Public visé
Prérequis
Modalités pédagogiques
Moyens et supports pédagogiques
Les participants devront amener leur propre ordinateur (avec souris si possible). L'installation du logiciel QuPath sera à faire en amont de la formation. Le procédé d'installation sera fourni par les organisateurs. Possibilité de le faire en visio.
A la fin de la formation, chaque participant repartira avec un support pédagogique reprenant les différents points de la formation.
Modalités d'évaluation et de suivi
Formateurs
LACHAMBRE Simon
Responsable scientifique
LOBJOIS Lhorane
Responsable scientifique