Microscopie volumique FIB-SEM pour la biologie et les applications 3D à température ambiante Présentiel

L'objectif principal de cette formation étant d'appréhender les contraintes d'acquisition 3D au FIB-SEM pour les échantillons biologiques, une part importante sera consacrée à la pratique sur le FIB-SEM lui-même, et sur le repérage de l'échantillon dans le bloc de résine en amont du FIB (tomographie X, préparation du bloc par microtomie). Les techniques de préparation d'échantillons précédant le FIB-SEM (fixation, contraste, inclusion) ne seront abordées qu'en théorie, avec une mise en lumière des adaptations spécifiques liées au FIB-SEM.

1ère partie (théorique)

• Application FIB-SEM pour la biologie : pourquoi ? comment ?
• Fonctionnement du FIB-SEM
• Protocoles de préparation d'échantillon pour le FIB-SEM
• Préparation d'un bloc de résine pour l'acquisition FIB (montage sur le stub et métallisation)

2ème partie (pratique)

• Repérage de l'échantillon dans un bloc de résine avant l'acquisition (selon la disponibilité des échantillons et des équipements, les participants pourront pratiquer la microscopie à fluorescence ou la tomographie à rayons X)
• Lancement d'une acquisition sur un bloc de résine au FIB-SEM. Cette partie pratique peut s'intercaler avec des discussions sur les trouble shooting et sur les stratégies d'adaptation aux problèmes rencontrés sur les échantillons en résine

3ème partie (théorie et pratique)

• Analyse d'image (manipulation des données, alignements, post-processing)
• Manipulation des jeux de données sur les ordinateurs portables des participants
• Bonnes pratiques de gestion de données
• Introduction aux solutions de segmentation, de visualisation et d'analyse 3D

• Acquérir les bases théoriques du fonctionnement d'un FIB-SEM
• Préparer un échantillon pour le FIB-SEM (élaborer un protocole adapté et préparer un bloc)
• Repérer son échantillon avant l'acquisition au FIB (semi-fines, tomographie à rayons X, fluorescence)
• Lancer une acquisition 3D au FIB-SEM pour un échantillon inclus en résine (mettre en route une acquisition, analyser les problèmes, connaitre les solutions)
• Préparer un jeu de données en vue d'une segmentation (export, alignement, post-processing)
• Notions de base sur l'analyse du volume 3D (segmentation, visualisation 3D, analyse quantitative)

EQUIPEMENTS : FIB-SEM Zeiss Crossbeam550, métalliseur, ultramicrotome, microCT ou microscope confocal.
Pour la partie TD d'analyse d'image, les participants devront ramener leur ordinateur portable. La liste de logiciel à installer sera envoyée en amont de la formation.