Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse en protéomique bottom-up Présentiel

AXE 9 - Chimie analytique

Environnement scientifique et technique de la formation

Spectrométrie de masse

Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse dans le contexte de la protéomique

Formation théorique (50 % du temps environ)

• Techniques d'ionisation des macro-biomolécules d'intérêt biologique : ESI, MALDI
• Les analyseurs : TOF, quadripôles, trappes d'ions, hybrides, FT-ICR, TOF-TOF, Orbitrap
• Mesure de masse moléculaire (MS)
• Peptides, règles de fragmentation, interprétation des spectres, assistance informatique pour l'interprétation (MS/MS)
• Préparation d'échantillon, digestion
• Identification de protéines par Mass Fingerprinting
• Identification par séquençage partiel en MS/MS
• Outils informatiques pour les recherches dans les banques
• Couplage HPLC et nano HPLC
• Introduction à la quantification différentielle par MS

Travaux pratiques (50 % du temps environ)

À L'ISSUE DE LA FORMATION

• Evaluation de la formation par les stagiaires
• Envoi d'une attestation de formation

Les stagiaires peuvent apporter un échantillon à titre pédagogique (contacter les formateurs pour les détails pratiques). La semaine est organisée avec une alternance théorie/pratique.

DATE DU STAGE : Réf. 25 145 : du lundi 17/11/25 à 09:00 au vendredi 21/11/25 à 16:30

- Identification de protéines par spectrométrie de masse : de la protéine isolée sur gel d'acrylamide ou en solution à son identification par spectrométrie de masse

EQUIPEMENTS

• Spectrométrie de masse : 2 hybrides nanoESI quadripôle-Orbitrap QExactive et QExactive-HF, 1 tribride nanoESI trappe ionique-Orbitrap-Astral, 1 tribride nanoESI trappe ionique-quadripole Orbitrap Eclipse, 1 source TriVersa NanoMate Advion, 1 MALDI TOF-TOF 5800
• Nano chromatographie en phase liquide : 4 chaînes nano RSLC U3000, une chaine HPLC Vanquish, 1 chaine nanoLC neoVanquish
• Logiciels disponibles : Mascot, Peaks, Byonic, MaxQuant, Proteome Discoverer, myProMS, Perseus, DIANN

• Acquérir les bases théoriques et pratiques des stratégies en protéomique Bottom-Up
• Obtenir et interpréter des spectres de masse à partir de microquantité de matériel protéique
• Interpréter des spectres de masse MS/MS pour le séquençage des peptides
• Détecter des modifications post-traductionnelles
• S'initier à l'identification et la quantification relative de protéines par recherche dans les banques de séquences

Liste des ressources pédagogiques remises aux participants à l'issue de la formation : supports papier et dématérialisés en PDF, listes de références bibliographiques.

Tout au long de la formation, des cas pratiques ou exercices corrigés permettront à l'apprenant d'évaluer l'acquisition des compétences. En fin de formation, un quiz d'auto-évaluation d'acquisition des notions indispensables sera effectué et une correction collégiale commentée permettra à l'apprenant de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.